Acesso

Esta página destina a mostrar meios de interagir com o cluster do C3SL. Acessar remotamente o cluster e copiar arquivos do computador pessoal para o cluster e depois copiar arquivos do cluster para computador pessoal.

Acesso via ssh

A forma de acessar o cluster é por meio do protocolo de acesso ssh (secure shell).
O nome do cluster para acesso é: c3hpc.c3sl.ufpr.br

Acesso ssh Linux

A principal forma de utilizar o ssh no Linux é por meio do terminal.

ssh terminal Linux

Abra o terminal e digite o comando: ssh <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br.
Onde:

  • <login> é o seu usuário do cluster

Exemplo de acesso por terminal Linux
odair:~/ $ ssh odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br
Linux c3hpc 5.10.0-16-amd64 #1 SMP Debian 5.10.127-1 (2022-06-30) x86_64
================================================================================

Suporte: c3hpc@c3sl.ufpr.br

===============================================================================
Last login: Wed Aug 31 19:28:56 2022 from 2801:82:80ff:8001:216:ccff:feaa:77
➜  ~

Acesso ssh windows

TODO

Termius

TODO

Copiar de arquivos para o cluster

Para copiar arquivos para o cluster é possível utilizar os comandos: scp ou rsync

Comando scp

O comando scp (secure copy) funciona da mesma maneira que o comando cp só que precisa passar o servidor para onde está copiando.
Para copiar um arquivo local para o cluster utilize o comando:
scp <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>
Onde:

  • <arquivo> é o nome ou caminho para o arquivo que deseja copiar.

  • <login> É o seu usuário no cluster.

  • <destino> É o nome ou caminho de destino do arquivo no cluster.

Para copiar diretórios é necessário passar a opção -r
scp -r <diretório> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>

Exemplo de cópia com scp

O exemplo a seguir mostra como copiar um arquivo ou diretório com scp para sua conta no cluster:

[odair@zaros ~]$ scp -r experimentos/ odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/
exp2                         100%    0     0.0KB/s   00:00
exp1                         100%    0     0.0KB/s   00:00
script.sh                    100%    0     0.0KB/s   00:00
[odair@zaros ~]$

Para copiar do cluster para sua máquina local é só inverter a ordem dos parâmetros:

[odair@zaros ~]$ scp -r  odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos resultados
[odair@zaros ~]$ ls resultados/
exp1  exp2  script.sh
[odair@zaros ~]$

Comando rsync

O comando rsync é mais robusto que o scp, e segue a mesma lógica de uso.
Para copiar um arquivo local para o cluster use:
rsync -avhHP <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/<destino>
Para copiar um arquivo remoto do cluster para a sua máquina utilize:
rsync -avhHP <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:/<arquivo> <destino>

Onde:

  • <arquivo> É o nome ou caminho para o arquivo que deseja copiar.

  • <login> É o seu usuário no cluster.

  • <destino> É o nome ou caminho de destino do arquivo no cluster.

Os parâmetros utilizados no comando do rsync significam:

  • -a Copiar tanto arquivo quanto diretório.

  • -v Mostrar uma saída mais detalhada.

  • -h Mostrar valores em unidades humanas, como MB, GB

  • -H Copiar e manter hard-links.

  • -P Mostrar o progresso durante a cópia

Exemplo de cópia com comando rsync

Copiando diretório local para o cluster:

[odair@zaros ~]$ rsync -avhHP experimentos_v2/ odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos_v2/
sending incremental file list
created directory /home/odair/experimentos_v2
./
exp1
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#1, to-chk=2/4)
exp2
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#2, to-chk=1/4)
script.sh
              0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#3, to-chk=0/4)

sent 233 bytes  received 130 bytes  242,00 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0,00
[odair@zaros ~]$

Copiando diretório remoto do cluster para máquina local

[odair@zaros ~]$ rsync -avhHP odair@c3hpc.c3sl.ufpr.br:~/experimentos_v2/ resultados_2
receiving incremental file list
created directory resultados_2
./
exp1
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#1, to-chk=2/4)
exp2
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#2, to-chk=1/4)
script.sh
                  0 100%    0,00kB/s    0:00:00 (xfr#3, to-chk=0/4)

sent 88 bytes  received 235 bytes  129,20 bytes/sec
total size is 0  speedup is 0,00
[odair@zaros ~]$ ls resultados_2/
exp1  exp2  script.sh
[odair@zaros ~]$

Dica

Recomendo criar um alias no .bashrc ou .zshrc para comandos de cópias, uma sugestão de alias é:
alias copy="rsync -ahH --info=progress2 --mkpath"
O parametro --mkpath cria subdiretórios no destino, caso ele não exista, consulte man rsync para mais informações
Com esse alias basta fazer:
copy <arquivo> <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:<destino>
copy <login>@c3hpc.c3sl.ufpr.br:<arquivo> <destino>